Решением Священного Синода от 26 июля 2012 г. (журнал № 77) назначен на должность наместника Высоко-Петровского ставропигиального монастыря г. Москвы.
Решением Священного Синода от 26 декабря 2012 г. (журнал № 135) назначен заместителем председателя Синодального отдела по делам молодежи.
Решением Священного Синода от 12 марта 2013 г. (журнал №23) освобожден от должностей наместника Высоко-Петровского ставропигиального мужского монастыря города Москвы и заместителя председателя Синодального отдела по делам молодежи и избран епископом Смоленским и Вяземским.
17 марта 2013 г. Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом в Даниловом ставропигиальном монастыре г. Москвы хиротонисан во епископа.
5 мая 2015 г. решением Священного Синода в связи с образованием Смоленской митрополии епископ Исидор назначен Главой Смоленской митрополии с титулом «Смоленский и Рославльский» (журнал №8).
21 мая 2015 г., в праздник Вознесения Господня, на Божественной литургии в Спасо-Вознесенском кафедральном соборе города Ульяновска в связи с образованием Смоленской митрополии Святейший Патриарх Кирилл возвел епископа Смоленского и Рославльского Исидора в сан митрополита.
4 мая 2017 г. решением Священного Синода из состава Смоленской епархии в административных границах Глинковского, Ельнинского, Ершичского, Монастырщинского, Починковского, Рославльского, Хиславичского, Шумячского районов и города Десногорска Смоленской области выделена Рославльская епархия. Правящему архиерею новоучрежденной епархии, включенной в состав Смоленской митрополии, положено иметь титул «Рославльский и Десногорский». Правящему архиерею Смоленской епархии иметь титул «Смоленский и Дорогобужский».